Obserwatorium Integracji Społecznej zostało powołane w ramach projektu „Koordynacja na rzecz aktywnej integracji” realizowanego w ramach Priorytetu I „Zatrudnienie i integracja społeczna”, działania 1.2. „Wsparcie systemowe instytucji pomocy i integracji społecznej” Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. Realizatorem projektu jest Centrum Rozwoju Zasobów Ludzkich w Warszawie. Projekt powstał z inicjatywy Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej. Koncepcję funkcjonalno-organizacyjną OIS opracował Instytut Rozwoju Służb Społecznych w Warszawie.